La battaglia culturale combattuta da Galilei per il rinnovamento della cultura scientifica contro la tradizione ed il principio di autorità si chiudeva con la sconfitta dello scienziato costretto al silenzio ed all'isolamento. Paradossalmente lo spirito innovativo dell'Umanesimo e del Rinascimento sembrava battuto proprio quando, dopo sforzi titanici, era riuscito ad elaborare una metodologia rigorosa e feconda, che prometteva risultati oltremodo positivi. Ma la sconfitta galileiana era soltanto un aspetto di una piú ampia e significativa situazione di crisi. In tutta l'Europa, infatti, la borghesia, che nei secoli precedenti gradualmente era riuscita ad occupare posizioni economiche e politiche di sempre maggior prestigio, è costretta a ripiegare prima sotto i colpi dell'assolutismo monarchico, che in Inghilterra, in Francia ed in modo indiretto in Italia andava riconquistando piú forti posizioni, e poi sotto i colpi di una crisi economica strisciante che presenta i segni di maggiore drammaticità nei primi anni del '600. D'altro canto già da tempo la baldanzosa sicurezza rinnovatrice della borghesia andava scemando e cedeva il posto ad una politica di maggiore prudenza e di piú cauto ripiegamento conservatore. Sul piano culturale alla fiducia nella scienza era subentrata una forma di scetticismo.
Scetticismo e conservatorismo, comparsi ufficialmente per la prima, volta nelle rassegnate e dolenti meditazioni del moralista Montaigne, caratterizzano la cultura europea a cavallo tra '500 e '600. Bacone e Galilei, nonostante la generosità dei loro sforzi, avevano fallito l'obiettivo del rinnovamento culturale, in quanto all'esigenza del nuovo metodo non avevano fatto corrispondere una nuova fondazione critica del sapere scientifico. Si muovevano entrambi in un quadro filosofico tradizionale. Il cosmo baconiano è ancora il mondo della tradizione, fatto di essenze e di qualità, detentore di segreti che la bravura e la condotta metodica del ricercatore debbono saper scoprire. Galilei, da parte sua, aveva visto il mondo come libro scritto da Dio, le cui leggi divine erano immediatamente comprensibili all'uomo che sapesse decifrarne il linguaggio matematico. Sulla certezza di poter comprendere le leggi della natura era fondata la speranza pratica, il progetto tecnologico di dominio sul mondo.
La crisi scettica che ha investito la cultura negli stessi anni in cui Bacone e Galilei costruivano i loro sistemi, ha però mostrato come una costruzione scientifica razionale non può accontentarsi di poggiare su basi fragili, non rigorosamente fondate, accettate dalla tradizione. Un nuovo metodo di indagine scientifica, se vuole veramente costruire un sapere sicuro e razionale, deve poggiare su basi non attaccabili dalla critica scettica, non esposte al tarlo del dubbio, resistenti non solo ad ogni obiezione razionale, ma anche all'ipotesi di un dio maligno che si diverta a tendere all'uorno tranelli per trarlo in inganno. La forza del discorso cartesiano consiste proprio nell'aver compreso l'esigenza di sanare ogni frattura tra principi fondamentali del sapere e scienze particolari, di superare ogni separazione tra metodo di individuazione degli elementi primi del sapere e metodi di indagine nei campi particolari del sapere stesso. La filosofia cartesiana risponde, in effetti, ad una esigenza fortemente avvertita: ricomporre l'unità di fondo tra quadro teorico generale e ricerca scientifica particolare. Quest'opera di rìcucìtura era particolarmente urgente e necessaria dopo che il processo di rinnovamento della scienza, sfociato nella metodologia galileiana, aveva per la sua fecondità maggiormente evidenziato il contrasto stridente tra la vecchia metafisica scolastica, tomistica, ed in ultima analisi aristotelica, e le nuove acquisizioni scientifiche. Le condanne di Bruno, di Campanella, di Galilei agli occhi dì Cartesìo non appaiono per niente incidenti evitabili, dovuti al particolare momento politico-culturale o alla occasionale intransigenza e severità dell'inquisitore, ma atti logici e conseguenti compiuti in difesa dì una concezione metafisica che gli stessi condannati affermano di condividere e di voler difendere. Le giustificazioni fornite, ad esempio, da Bruno e da Galilei per evitare la rottura col quadro metafisico tradizionale - la teoria della doppia verità per il primo, la compatibilità tra scienza e fede a condizione di una lettura non letterale della Scrittura per il secondo- nel mentre denotano la consapevolezza in questi autori della scissione in atto tra esigenze scientifiche e fondamenti metafisici, denunciano anche la loro incapacità a superarla con l'applicazione ad entrambi i campi di un'unica metodologia.
La filosofia cartesiana mira al superamento di questa scissione proponendo un sistema maggiormente compatibile con i principi della nuova scienza.