La nuova concezione fichtiana si scandisce, e si arricchisce, attraverso le molteplici rielaborazioni che il filosofo fa della Dottrina della Scienza. Nell'edizione del 1801 la sua dottrina già si configura come una filosofia dell'assoluto in senso religioso. Qui l'io è descritto come il sapere che indagando su se stesso tenta di cogliere in sé la sua origine, il suo fondamento. Tale fondamento è l'essere assoluto che vien colto ma non conosciuto dall'io in quanto è al limite del sapere, inaccessibile ad esso e quindi ineffabile. Questo essere assoluto è Dio. È chiaro dunque che l'assoluto, che prima era un ideale, lo scopo degli io mondani, il limite della storia, ora è realtà esistente, anzi principio primo costitutivo degli enti, immanente al mondo.
Nella Dottrina della Scienza del 1804 Fichte accentua il carattere di inconcepibilità, di inafferrabilità - a livello di sapere umano - del fondamento assoluto fino al punto di affermare che esso può essere colto solo se il pensiero si annulla. Qui si delinea con piú precisione una sorta di teologia negativa e si propone, in sostanza, un atteggiamento filosofico che non può sfociare se non nel misticismo. L'uomo peraltro va perdendo i caratteri «terrestri» nel momento in cui Fichte ne parla come epifania (rivelazione di Dio).
Questi temi sono ripresi e articolati ulteriormente in I tratti caratteristici dell'età presente (1804-5), Sull'essenza del dotto, e Introduzione alla vita beata (1805-6). Ma è nella Dottrina della Scienza del 1806 che essi si radicalizzano: non c'è essere se non l'Essere di Dio - sostiene Fichte -; l'uomo è e si fa in quanto Dio è e si fa in lui; pertanto l'uomo, come l'intero cosmo, non è che lo schema, l'immagine, l'apparenza di Dio, nel senso che in essi Dio si manifesta, ma anche nel senso che essi sono immagine transitoria, contingente (in sé priva di una propria consistenza) della realtà divina. Questi esiti saranno poi riproposti anche nelle elaborazioni del 1812 e del 1813 della Dottrina della Scienza. Cosí il ciclo dalla «filosofia trascendentale» alla «filosofia della rivelazione» s'è compiuto.
Lo spirito religioso di cui si anima il pensiero del «secondo» Fichte, è rilevabile poi in tutte le opere di questo periodo, anche in quelle nate dal suo impegno civile e dalle riflessioni sulle condizioni storiche in cui vive. Facciamo un passo indietro. Lasciata Jena, Fichte si reca a Berlino dove frequenta, ma per breve tempo, il gruppo dei Romantici. È un periodo d'intensa riflessione che va dal 1798 al 1801. Tra il 1801 e il 1804 tira le fila di quella riflessione con le due rielaborazioni della sua Dottrina. Dal 1804 al 1806 poi riprende fiducia e mordente, e si dedica, con entusiasmo, all'attività didattica e di conferenziere; nel 1805, inoltre, gli vien concesso il rientro nella carriera accademica, con l'insegnamento all'Università di Erlangen; nel 1806 avviene la polemica con Schelling che, da fedelissimo di Fichte, nel frattempo aveva prima preso le distanze e poi era passato al contrattacco, vedendo nelle rielaborazioni del maestro un plagio delle tesi ch'egli andava maturando. Intanto scoppia la guerra della quarta coalizione antinapoleonica; l'esercito prussiano subisce sconfitte pesanti; Fichte produce scritti ispiratigli dalle condizioni precarie della sua patria; quando si perviene alla pace, egli vive in una Berlino occupata dalle truppe francesi, ma non in modo inattivo; organizza infatti delle conferenze nell'anfiteatro dell'Accademia delle Scienze - i Discorsi alla nazione tedesca (1808) - in cui, con notevole coraggio, incita i tedeschi alla riscossa contro la dominazione napoleonica. In questi Discorsi s'intrecciano temi di diversa natura - filosofici, morali, religiosi, giuridici, politici, pedagogici -, al punto ch'essi possono esser letti come una sistemazione sintetica delle idee sviluppate dal filosofo fino a quel momento. Tutti questi temi ruotano formalmente intorno all'affermazione del nazionalismo tedesco, affermazione che avviene in termini tali che l'opera - questo è un «fatto» - è sempre piaciuta non solo ai movimenti patriottici, ma anche a quelli razzisti che la Germania ha visto nascere nel suo seno. Ma a ben vedere, il senso profondo dell'opera sta nella rivendicazione della libertà dell'uomo come la sola condizione perché l'umanità possa perseguire il suo progresso storico; pertanto essa presenta una complessità che la sottrae ad una classificazione schematica e ad una valutazione riduttiva.
Ebbene, anche in questi Discorsi aleggia lo spirito religioso che caratterizzò la seconda fase fichtiana. La missione morale che, per Fichte, il popolo tedesco deve svolgere in seno all'umanità, acquista il significato di una missione religiosa, in quanto di segno religioso Fichte vede caratterizzato il progresso della storia umana.
Complesso è stato dunque l'itinerario filosofico di Fichte fino alla sua morte, avvenuta per contagio di tifo nel 1814.
Di contro al kantismo, caratterizzato a suo avviso dai limiti propri di una «filosofia del finito», propone la sua dottrina come una «filosofia dell'infinito». A questa egli perviene anche attraverso la critica alla teoria di Reinhold che, a suo giudizio, parte dall'esigenza legittima di trovare un «principio primo» di ogni filosofare, ma si ferma solo alla scoperta dell'io come principio della conoscenza, senza peraltro riuscire ad eliminare lo spettro dello scetticismo humiano, come, secondo Fichte, ha acutamente dimostrato Schulze Bisogna invece - egli sostiene - trovare un principio che spieghi insieme sia l'io teoretico che l'io pratico; e afferma di averlo trovato nell'Io puro. Con l'Io puro - che pone se stesso e pone il Non-Io - scompare il problema del noumeno kantiano, di una realtà in sé inaccessibile al pensiero; ma ad una condizione che Schelling ritiene troppo gravosa, cioè la riduzione della realtà a puro strumento di realizzazione dell'Io. Ciò nondimeno, con la scoperta dell'Io puro, l'io «empirico» e «finito» acquista un valore «assoluto», uno spessore «infinito», una dimensione «eterna»; sicché il sistema fichtiano dà legittimità filosofica ai temi romantici, e infatti non senza ragione i Romantici hanno considerato Fichte come un maestro.
Ma l'Io puro si va trasformando nell'ulteriore riflessione fichtiana; rivela progressivamente il suo carattere di «essenza eterna» di cui gli io empirici sono solo momenti particolari e transitori; e, a mano a mano che s'approfondisce il discorso sull'Io puro, perde sempre piú valore l'io empirico.
Ma, di piú, con l'approfondire il suo discorso sull'Io puro Fichte delinea sempre meglio quello che Kant sosteneva non potersi fare se si parte dai principi della «filosofia critica», cioè un discorso metafisico. Si tratta, certo, di una metafisica dell'Io, ma destinata ad esplicitarsi come discorso filosofico su Dio. Quindi l'aspirazione originaria di Fichte - di portare a compimento la kantiana «rivoluzione copernicana» - naufraga in una teoria filosofica che propone, come atteggiamento pratico dell'uomo che s'interroga su se stesso e sul proprio fondamento, l'intuizione mistica di Dio.