Come la filosofia di Fichte, anche quella di Schelling visse una «svolta religiosa». Questa, iniziatasi a partire dal 1804, si articolò in due tempi, di cui il primo è da vedersi come preparazione del secondo, e quest'ultimo è quello in cui la filosofia schellinghiana si configura in senso proprio come una «filosofia religiosa», in quanto, recuperando il concetto religioso di «rivelazione», diventa «filosofia della rivelazione».
Schelling, sotto la spinta di alcune critiche rivoltegli, si trovò nella necessità dl chiarire in termini espliciti il valore del finito, della realtà mondana nella sua oggettiva determinazione nei confronti dell'Assoluto, che presentava inequivocabili segni di «principio divino». E poiché della realtà mondana fa parte anche l'uomo, si trovò indotto a spiegare in che cosa effettivamente consistesse la libertà umana, a dimostrare com'era possibile l'esistenza del male del peccato, e in che cosa dovesse risolversi il compito etico dell'uomo. Infatti, secondo una logica semplicistica e schematica, ponendo l'uomo come espressione e rivelazione dell'Assoluto, si dovrebbe ricavare che l'uomo non è libero, nel senso che non ha alcun bisogno d'essere libero; che quindi il male non ha spazio nella sua vita (come non lo ha nella realtà naturale) in quanto essa scandisce naturalmente l'esecuzione del piano divino provvidenziale; e che egli non ha alcun compito da svolgere, coincidendo il «dover-essere» con l'«essere».
Inoltre, se l'Assoluto era da intendersi veramente come un «principio divino». costituendo esso l'oggetto sia della filosofia che della religione, diveniva indispensabile chiarire i rapporti tra di esse.
Schelling esplicita che l'Assoluto è quel principio divino che costituisce il fondamento di ciò ch'è infinito, di ciò che è finito, e del legame tra finito e infinito.
Il finito, dunque, è compreso nell'Assoluto, ma non s'identifica con esso. L'equivoco poteva nascere nell'impostazione metodologica precedente; ma in questa fase del suo pensiero, Schelling, capovolgendo il processo finora adottato - che dalla filosofia della natura aveva condotto alla filosofia dell'Assoluto - parte proprio dall'Assoluto. E distinguendo l'Assoluto come Idealità, o Dio, l'Assoluto come reale e l'Assoluto come forma che fonde l'ideale e il reale, sostiene, sí, che questi sono tre «momenti distinti» di un'«unica realtà», ma spiega anche che la distinzione di essi definisce le caratteristiche di ognuno e la specificità del singolo momento rispetto all'Assoluto come Fondamento.
Restava tuttavia da spiegare come l'Assoluto, Dio, poteva obiettivarsi nel reale senza che questo perdesse i suoi caratteri specifici, assorbito in esso. Schelling rifiuta sia il concetto di creazione che quello di emanazione, perché entrambi non danno ragione della specificità del mondo finito. E introduce cosí il concetto di «caduta», di «rottura», che solo poteva sottolineare la distanza tra il piano del finito (il mondo sensibile) e quello dell'infinito (Dio).
L'esistenza di ciò che è finito - si dice sempre in Filosofia e religione -- consiste, dunque, solo «... in un allontanamento, in una caduta dall'Assoluto».
Questo concetto, di derivazione platonica, comportava tuttavia altri problemi. Come è possibile la «caduta»? E voluta da Dio? E se la caduta è un male, Dio vuole il male? Schelling risolve questi problemi con l'uso dei concetti di «realtà» e di «possibilità». La realtà della caduta non appartiene a Dio; tuttavia a lui, che è infinito, appartiene la possibilità della caduta; sicché Dio si rivela, obiettivandosi, nelle cose finite; è a livello di forme finite che la possibilità della «caduta», dello «allontanamento» da Dio, diviene realtà.
Comunque, Schelling in questo modo è riuscito a sostenere che il male c'è, e consiste nella condizione di «rottura» dell'Assoluto vissuta dall'essere finito; e che all'uomo, essere consapevole della natura, compete il compito della ricomposizione della frattura, del ritorno all'Assoluto, in cui consiste il bene.
Anzi questo compito non è solo dell'individuo; è il disegno in cui si muovono l'universo e la storia.
L'uomo che vive consapevolmente questo disegno globale, vive una vita eterna; questa, pertanto, non si trova al di là della vita temporale ma nel tempo; essa si attua, com'è stato detto, «nella misura in cui ci si affranca dai vincoli del mero sensibile e al movimento centrifugo dalla totalità si sostituisce il moto centripeto verso di essa» (Semerari).
E in virtù del concetto di «caduta», all'uomo vien riconosciuta tutta la sua libertà; inoltre, con il riconoscimento della libertà la vita morale acquista tutto il suo significato umano e la moralità finisce con l'identificarsi con la vera felicità. Contro la concezione kantiana, che separava la virtù dalla felicità, facendo della seconda un'eventuale appendice della prima, Schelling afferma polemicamente:
Dunque l'uomo, rispetto a Dio, vive una lacerazione in se stesso tra intelletto e volontà. La virtù consiste proprio nell'assimilarsi a Dio, attraverso la loro riconduzione ad unità.
Quando l'uomo s'identifica con la sua individualità, con la sua «rottura» con Dio e con la lacerazione in se stesso (cioè con il principio della sua imperfezione che è la materia), pecca, perché la sua volontà non s'identifica con quella divina. Sicché Dio rende, sí, possibile il peccato, ma questo non è assolutamente in lui, né lui lo determina nell'individuo.
Queste tesi, basate sull'«allontanamento» del finito da Dio, sembrano molto distanti dalla precedente impostazione filosofica di Schelling; l'inversione del processo - prima dalla natura all'Assoluto, ora dall'Assoluto al finito - sembra dover smentire il concetto d'identità cosí come era stato fondato a partire dalla filosofia della natura. Ma questa filosofia Schelling riprende quasi a mostrarne il suo carattere di «cornice» in cui bisogna inserire queste tesi come «corollari» da essa derivati. Infatti, in polemica con Fichte, che a suo avviso aveva svalutato la natura, egli ribadisce che la natura è Dio, e che la filosofia - che in quanto scienza dell'Assoluto è scienza del divino - non può essere se non filosofia della natura.
Di qui il rapporto tra filosofia e religione, che hanno - è vero - lo stesso oggetto, ma si distinguono nei caratteri specifici; la religione si fonda infatti sulla riflessione, mentre la filosofia è fondata e parte da un'intuizione che è al di qua e al di sopra della riflessione. La prima è esperienza che l'uomo fa come essere finito; la seconda matura in un rapporto immediato del finito con l'infinito.
La natura, vivente, attiva, è dunque «divina»; tra Dio e natura c'è distinzione ma non dualismo; sicché anche nella natura stessa non c'è dualismo tra materia e spirito, tra realtà sensibile e pensiero. Quindi per Schelling viene a cadere anche il contrasto tra idealismo e realismo.
Su queste basi Schelling fa l'ulteriore e finale passo verso la filosofia della rivelazione. È la fase della cosiddetta «filosofia positiva» o «empirismo filosofico». Il punto di passaggio è identificabile nella polemica con Hegel, che, sostenendo l'identità di reale e razionale, affermava che le relazioni tra concetti nell'ambito del pensiero sono anche relazioni tra realtà. Ad Hegel Schelling rimproverava
operando una proiezione dal pensiero alla realtà. Questo, per Schelling, è un esempio di «filosofia negativa», che parte dal pensiero per spiegare i fatti, a cui si deve contrapporre una «filosofia positiva», che parta dai fatti per ricavare «a posteriori» il principio che spiega quei fatti;
Il punto d'arrivo di questo procedimento «a posteriori», per Schelling, naturalmente, non poteva essere che Dio, principio di tutto ciò che esiste. La filosofia positiva infatti muove
Dio, unità di soggettivo ed oggettivo, non s'identifica con nessuno dei due, presi singolarmente, ma è causa libera e agente di entrambi. Infatti non è una sostanza, ma «causa sovrasostanziale» che ha con le sostanze (le cose e gli spiriti umani) un rapporto che è di «unità vivente». Pertanto Dio è volontà. In tal modo Schelling rivela senza equivoco lo scopo della filosofia positiva, che è quello di motivare il posto della religione nella vita spirituale dell'uomo. Quando questi riconosce la «caduta da Dio»,
La vita etica ora viene interpretata come «cammino verso Dio», e il momento supremo dell'esistenza umana viene individuato nella relazione tra uomo e Dio come tra persone, basata sulla «rivelazione». Infatti la «rivelazione storica» è stato quell'evento che ha mutato le condizioni di vita dell'umanità, riconciliando l'uomo con Dio; nel rapporto interpersonale uomo-Dio questa rivelazione si attua nella coscienza, che sola permette all'uomo la liberazione interiore dal vincolo della finitezza. Non si può negare che sorprende l'esito finale del processo iniziatosi con la filosofia della natura; certo, Schelling ha saldato bene le varie fasi, in modo da far apparire le successive coerenti e consequenziali con le precedenti. Ma il punto d'arrivo pone pur sempre un problema: è la filosofia ch'è diventata «religiosa» (o, magari, lo è sempre stata), oppure è la religione che, nell'elaborazione di Schelling, partendo da molto lontano, è divenuta «filosofica»?