Quando siano stati individuati e selezionati i fatti, si opera su di essi il confronto che solo può rivelare i nessi di causa-effetto. I metodi per operare questo confronto sono fondamentalmente due:
Vi sono poi altri due metodi che integrano i due precedenti, specialmente in casi di difficile «lettura».
Con questo «metodo logico» è possibile studiare anche il comportamento umano. L'uomo è, sí, libero; ma ciò non significa che il suo agire si pone fuori da ogni legge: «Se conosciamo la persona a fondo, e se conosciamo tutti i moventi che agiscono su di lui, possiamo predire la sua condotta con la stessa certezza con cui possiamo predire qualsiasi evento fisico».
Ossia, di fronte ad una possibilità d'azione, l'individuo può sottrarsi al condizionamento del movente, ed agire altrimenti; in ciò è libero; ma anche la nuova azione sarà la conseguenza «necessaria» del nuovo «movente» assunto; in ciò il suo comportamento è sottoposto a legge.
La «scienza della natura umana» è la psicologia, che studia le «uniformità di successione» tra i vari stati psichici. Sulla base della psicologia è possibile fondare una nuova scienza, l'etologia, che studi le leggi in virtù delle quali le circostanze determinano il carattere individuale. Per studiare le leggi con le quali le circostanze agiscono sulla formazione del carattere collettivo di un popolo si ricorrerà poi alla sociologia, che mette in luce la «legge del progresso», per la quale è possibile prefigurare gli sviluppi futuri della società.
È evidente l'influsso di Comte, anche se questi non annoverava tra le scienze positive la psicologia, in quanto, sosteneva, l'osservato non può coincidere con l'osservante, come avviene appunto in psicologia. Tale influenza è notevole se si pensa che anche J. Stuart Mill propone una statica ed una dinamica sociale che costituiscano lo strumento per agire sulla storia.
Ma seguiamo ancora il discorso del filosofo inglese. Quando si vuole studiare scientificamente i fenomeni prodotti a livello di società umana dalla ricerca della ricchezza, allora si deve fare economia politica, che rappresenta anche lo strumento per prevedere gli esiti di eventuali nuove azioni economiche. Nell'opera Sistema di economia politica egli mostra di aver tesaurizzato quanto elaborato da Smith Malthus e Ricardo. Ma apporta anche nuovi contributi. Per lui il mondo economico è certamente soggetto a leggi; ma bisogna distinguere le leggi di produzione dalle leggi di distribuzione dei beni: le prime non dipendono dalla volontà umana, le seconde sí; perciò si può intervenire sulla distribuzione per ripartire piú equamente la ricchezza; si può intervenire o nella prospettiva individualista o in quella socialista; tuttavia il sistema socialista, pur assicurando una migliore distribuzione, non garantisce adeguatamente la libertà individuale anche sul piano economico; questa libertà è il solo limite all'azione del governo in materia di economia. Salvaguardando questa libertà c'è spazio politico, per il governo, per operare delle riforme che migliorino le condizioni collettive; queste possono comportare limitazioni all'individuo solo a condizione che esse tutelino gli stessi diritti individuali a tutti.
Per J. Stuart Mill dunque l'individualismo è la prospettiva migliore su cui modellare l'assetto della società. Esso tuttavia si radica nella visione etica dell'utilitarismo. L'individuo tende alla felicità, al piacere, che costituisce per lui l'utile e il bene. Ma, Mill avverte, l'uomo sceglie i piaceri anche in base a criteri qualitativi, e non solo quantitativi; cioè anche in base, per esempio, al criterio di maggiore nobiltà. Inoltre, egli sostiene sulla scia di quanto affermato da suo padre James Mill, la ricerca del piacere non chiude l'individuo nell'egoismo, anzi è essa stessa la fonte dell'altruismo, perché implica sempre, in misura maggiore o minore, la ricerca della felicità altrui. Anzi essa, nel progredire delle condizioni storiche dell'uomo, accresce il sentimento di unità tra gli individui, diventando fattore di progresso. E il mezzo per la sublimazione dell'egoismo, per la conciliazione tra interesse privato e utile collettivo, è la cultura.